Windows IoT Enterprise può essere fornito in due modalità:
- LTSC (Long-Term Service Channel), ovvero una versione basica del Sistema Operativo che non prevede la presenza di funzionalità consumer-oriented come il Windows Store, le varie app integrate di default nel pacchetto ufficiale, Cortana, Edge etc. e permette all’Amministratore di sistema di abilitare gli aggiornamenti automatici solo per le funzioni inerenti la sicurezza. La versione LTSC prevede poi 10 anni di supporto ed eventuali aggiornamenti di funzionalità e applicazioni ogni 2 o 3 anni. Unica build per tutta la vita del prodotto;
- GAC(General Availability Channel),ovvero una versione completa e identica al pacchetto Windows Enterprise normalmente installato sui PC business e utilizzato dalle aziende medio grandi per le esigenze d’ufficio. La versione GAC prevede 36 mesi di supporto ed aggiornamento annuale della build.

Microsoft Windows IoT Enterprise fornisce molte funzionalità aggiuntive, non presenti nelle versioni Professional o Enterprise, che permettono di personalizzare ulteriormente il prodotto, fra le quali citiamo ad esempio:
- UWF, che consente di proteggere dalla scrittura una partizione o l’intero disco del sistema
- USB, TOUCH e KB Filter, che permettono di bloccare l’utilizzo di gesture, hotkey (es. Ctrl-Alt-Del) o altre combinazioni di tasti, quale ad esempio lo swipe da destra che attiva l’Action Center onde evitare accessi incontrollati su apparecchi non presidiati.
Su questa versione di sistema operativo è Inoltre possibile installare tutte le lingue desiderate (MUI) senza sovrapprezzo, contrariamente ad esempio alla versione Windows 7 che richiedeva la licenza Ultimate per poter beneficiare di questa funzionalità.
Un ulteriore vantaggio, non meno importante, è dato dal fatto che per questa versione del sistema operativo - al contrario delle versioni Professional e/o Enterprise - la Microsoft ha previsto una politica di prezzi legata alle tipologie di microprocessore su cui viene effettuata l’installazione e nel dettaglio:
- ENTRY per tutti i processori Intel di classe Atom o Celeron inclusi i processori su socket (es. J1900, J6412, G4905)
- VALUE per tutti i processori Intel di classe Celeron e Pentium montabili su socket e quindi removibili, più tutti i processori delle famiglie Core i3 e Core i5
- HIGH END per tutti i processori delle famiglie Core i7, i9 e Xeon
Il prezzo della versione ENTRY consente un risparmio significativo rispetto alla versione HIGH END (che invece ha un prezzo più alto, simile alle licenze Professional o Enterprise) e poiché nelle applicazioni Embedded solitamente si utilizzano prevalentemente processori della tipologia ENTRY, il cliente può decidere, grazie al risparmio sulla licenza del sistema opeativo, di investire di più sulle funzionalità hardware, avendo allo stesso prezzo un dispositivo con maggiore quantità di memoria o un processore più veloce (rimanendo per il processore sempre all'interno della classe ENTRY).
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